万年寺是步行登山的起点之一，寺中的无梁殿，全部为砖结构建筑，是万历皇帝为其母祝寿而建。寺中的“行愿楼”内供奉着三宝：佛牙、贝叶经和万历金印，是你不可错过的珍宝。

如今的万年寺，大部分建筑是1953年重建的。始建于明万历28年的无梁殿，殿内的内壁下部有二十四个佛龛，每个佛龛内放有铁铸的佛像。无梁砖殿内还供奉有一尊普贤铜像，造型为普贤菩萨坐在六牙白象背上的金色莲花宝座之上。

殿后的“行愿楼”内供奉着：佛牙、贝叶经和万历金印。佛牙长约40厘米，是明代嘉靖年间斯里兰卡的僧人所赠。事实上据专家考证，这枚牙齿是剑齿象的牙齿化石。

贝叶经为明代暹罗（今泰国）国王所赠，上书梵文《尊益阿含经》全部经文，具有“不柱虫，不霉变，不千碎”等特点，为佛门至宝。

三宝之一的万历金印最为珍贵，这枚方印13厘米见方，重4公斤，是明代万历皇帝御赐的印章，刻有“大明万历，敕赐峨山，御题砖殿，普贤愿王之宝”的文字，因是帝王赏赐，虽为铜质僧人亦尊称为金印。

寺中环境清幽，留存有大量历史碑刻，其中最著名的是宋代书法家米芾手书的“第一山碑”。